曼哈顿图(曼哈顿图怎么解读)

1-R数据可视化12:曼哈顿图

1、所有的图都由数据data，想要可视化的信息，映射mapping（即数据变量如何映射到美学属性的描述）组成 图层（layers） 是几何元素和统计变换的集合。几何对象，简称 geoms ，代表你在图中实际看到的东西：点、线、多边形等等。

2、步骤1：准备数据集 首先，我们需要准备一份数据集，其中包含自变量和因变量的值。

3、地图GIS数据的来源与R绘制软件包 中国地图GIS数据的官方数据可以在国家基础地理信息中心的网站（http：//nfgis.nsdi.gov.cn）里面可以免费下载。官方公开的数据包括：地图数据，及居住地、交通、河流等辅助数据。

4、BDP个人版 类似Tableau的在线版数据可视化分析工具，相比竞品大数据魔镜更接地气也更好用，分析模板丰富，而且还支持制作数据地图（自带坐标纠偏）一个比较万用平台，没能力使用Tableau的人不妨试试这个平台。

5、于是，我们发现ComplexHeatmap这个R包真的是热图神器。数据可视化的过程就是一段探索意义的旅程，给每一种颜色、每一种形状、每一种聚集和离散找到一种生物学意义。

6、R-ggplot2 ggplot2是R语言最为强大的作图软件包，强于其自成一派的数据可视化理念。当熟悉了ggplot2的基本套路后，数据可视化工作将变得非常轻松而有条理。

2-我的GWAS高级曼哈顿图折腾过程

这样就会在该目录下生成一个名为『man.png』png格式的曼哈顿图，若是要存为pdf格式，则只需将所要保存的文件名后缀改成『.pdf』（plt.savefig(man.pdf)）就可以了。

如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图 Python是一种开放源代码的脚本编程语言，这种脚本语言特别强调开发速度和代码的清晰程度。

Python的创始人为Guido van Rossum。1989年圣诞节期间，在阿姆斯特丹，Guido为了打发圣诞节的无趣，决心开发一个新的脚本解释程序，做为ABC 语言的一种继承。

GWAS：关联分析——EMMAX - (jianshu.com)4 GWAS：显著性阈值确定——GEC - (jianshu.com)阈值 = 显著性/有效SNP数 即在此性状中，没有显著的SNP。

用于做曼哈顿图最常用的一个R包叫做qqman——an R package for creating Q-Q and manhattan plots。本文我们直接使用该包中的例子进行讲解（毕竟我也没有可以绘图的GWAS数据哈哈哈）。

文献中，关于GWAS这一块的图有：①所有样本地理位置与种子大小的图；②样本表型值的概率密度图与直方图；③曼哈顿图；④top SNPs的累积效应图。

3-曼哈顿图散乱的原因

曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值。曼哈顿图本质上是一个散点图，用于显示大量非零大范围波动数值，最早应用于全基因组关联分析（GWAS）研究展示高度相关位点。

而且通常来说受到连锁不平衡的影响，强关联位点周围的SNP也会显示出相对较高的信号强度，并依次向两边递减，所以会出现上图中红色部分的现象。一般，在GWAS的研究中，Pvalue的阈值在10^-6 或者10^-8以下。

在第一阶段的研究中，一方面在已知的最好近似算法基础上，对问题的性质进行更细致地分析以尝试改进；另一方面对近似算法的设计进行系统的学习，探索其他的算法设计思路。

一共是4列（逗号分隔），分别为：[1]染色体编号，[2]SNP rs 编号，[3] 位点在染色体上的位置，[4]显著性差异程度（pvalue）。在本例曼哈顿图中我们只需要使用第1，3和4列；而QQ图则只需要第4列——pvalue。

这具尸体被称为曼哈顿怪兽，照片中，它的面部残缺、身体无毛，并且它的前后脚都长着和蹄子完全不同的5根脚趾。和天使猫（会飞的猫）、无毛僵尸、南极ningen一样都乃未知的神秘生物。

到了曼哈顿计划启动的时候已经不再需要爱因斯坦这种“伟大的”理论物理学家直接参与了，当然他的一些核物理观念是运用在原子弹的研制之中的，到了曼哈顿计划这个层次，更需要的是工程技术专家来实现原子弹的具体化。

4-曼哈顿图与qq图纵坐标横坐标关系怎样看

若是检验一组数据是否来自某个分布，分布函数为F(x)，通常图的纵坐标为排好序的实际数据（次序统计量：x(1)x(2)...x(n)），可以称之为经验分位点。

要看懂qq图，先要知道什么是分位数。我们生成一组数字，作为示例数据 把这些数据画在图上 横坐标没有意义，纵坐标代表dat的数值。四分位数，即可以将这组数据分成等量的四个部分的三个数。

曼哈顿图是一种散点图，通常用于显示具有大量数据点，许多非零振幅和更高振幅值分布的数据。该图通常用于全基因组关联研究（GWAS）以显示重要的SNP（来源wiki）。

5-如何使用python绘制gwas分析中的曼哈顿图和qq图

1、一共是4列（逗号分隔），分别为：[1]染色体编号，[2]SNP rs 编号，[3] 位点在染色体上的位置，[4]显著性差异程度（pvalue）。在本例曼哈顿图中我们只需要使用第1，3和4列；而QQ图则只需要第4列——pvalue。

2、在R中进行整理，pmap格式在下面帖子中有详细介绍。第一列为SNP的ID，第二列为chr，第三列为SNP的位置，第四列开始为每个性状的SNP的P值。

3、如何使用Python绘制GWAS分析中的曼哈顿图和QQ图 Python是一种开放源代码的脚本编程语言，这种脚本语言特别强调开发速度和代码的清晰程度。

4、之所以选中Python（大蟒蛇的意思）作为程序的名字，是因为他是一个叫Monty Python的喜剧团体的爱好者。ABC是由Guido参加设计的一种教学语言。就Guido本人看来，ABC 这种语言非常优美和强大，是专门为非专业程序员设计的。